1989. a. likvideeriti merehariduse algtasandi (tööliskaadri) koolitus.
1992.a. 23.dets. kinnitati Pärnu Merenduskeskuse põhikiri, millega loodi alus merealase algtasandi koolituse läbiviimiseks.
1993.a. kinnitatud kontseptsiooni kohaselt üritati luua ühtne Eesti Merehariduskeskus mitme merekooli baasil koordineerimaks kogu mereharidust Eestis, mis aga ei ole vajalikul tasemel käivitunud.
Mereharidust annavad:
- rakenduslik kõrgkool Eesti Mereakadeemia – kõrgharidus
- Tallinna Merekool (kutsekeskkooli tase) koos filiaaliga Tartus
- Pärnu Merenduskeskus – kutsekoolitus reakoosseisule - tasulised kursused
- merendusklassid gümnaasiumides (Orissaare, Pärnu, Kunda ja Narva)
- Eesti Noorte Mereklubi – huvikooli tasandil 4-9 kl õpilastele
Tänapäeva valupunktid.
Probleemid merehariduses:
- hariduse madal prestiiz ja palgatase tervikuna Eestis
- õppejõudude kõrge iga ja tänapäevaste praktiliste töökogemustega õppejõudude nappus
- materiaalse baasi killustatus ja vananemine (1997-1998 oluline nihe paremuse poole - arvutipargi täiendamine, masinaruumi valmendi, mini-sillavalmendi, logistika tarkvara, ARPA, sidevahendid firmalt SAILOR, püstuvuse valmendi kalalaevadele)
- kaasaegsete seadmete instruktor-õppejõudude täiendkoolitus jääb ajaliselt maha tarnetest, ehkki peaks olema vastupidi
- tasakaalu puudumine õppurite õiguste ja kohustuste vahel (riigilt peab kõike tasuta saama, midagi omalt poolt vastu andmata)
- riiklikult merehariduse algtasandi korraldamatus ja riikliku finantseerimise täielik puudumine